갑사 신원사와 함께 계룡산을 대표하는 사찰. 신라 성덕왕 23년(724년) 회의화상이 창건하고 신라말 도선국사가 중창하였다고 전해진다. 창건 당시 절 이름이 상원사 였는데 신라가 망한 뒤 대승관으로 있던 유차달이 이곳에서 신라 시조와 박제상의 초혼제를 지내면서 현재의 동학사로 이름을 바꿨다는 설도 전해진다. 절 이름에 대해 절 동쪽에 학 모양의 바위가 있어 붙여졌다는 설과 '동방의 성리학'의 원조인 고려말 충신 정몽주를 제사 지냈기 때문에 명명됐다는 설이 있다.
조선 중기에 병란으로 건물이 완전히 소실되었다가 순조 14년에 월인선사가 사옥을 중건하고 고종 원년(1864년)에 보의선사가 중창하였다고 한다. 1860년 강원(講院)이 개원돼 비구니승의 산실로 꼽히고 있다. 지금까지 배출된 비구니승은 500명이 훨씬 넘는다고 한다.
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